1、经营方式不同。京东自营店是京东商城自己独自运营的店铺，自己进货，自己经营。京东直营店则是京东商城将一部分店铺以出租的形式给第三方经营，叫非自营店。而京东只是负责提供一个双方买卖的平台，其他的品牌商进来的店铺，叫京东自营店。 51md.cn
产品标准不同，京东自营用京东自己的做招牌，在销售，口碑、服务、价格方面都有优势，但是对库存、销售的要求非常严格，产品可靠性、配套的售后、物流都有严格标准。非自营在产品线上灵活性就要更高，可以覆盖全品牌、全型号。在产品的长周期和多元化方面、非自营的优势高于自营。
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2、两者扣点不同。第三方店铺京东的扣点不多，也就是说商家的利润多些，随之而来的就是流量也不多。销量不容易上去。 www.51md.cn
3、利润来源不同。商家把产品提供给京东自营，供货价不高，等于把零售利润出让了一部分给京东。换来的是流量大，可以上他们的各种活动，销量当然也很大。也就是说商家通过供货给京东自营，损失了一部分利润，换来了产品的高曝光率和销量。
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京东自营是什么？
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自营店铺是京东权威性比较高的店铺，权重大，流量多，更是目前京东的一个战略方向 www.51md.cn
1、京东自营 GMV 占比京东商城整体销售额 70%以上 www.51md.cn
2、每一件自营商品都带有京东(自营)标识，消费者更信赖。 m.51md.cn
3、京东自营商品可以实现 211、限时达、夜间配等高效配送，消费者购物体验更好。
4、自营商品可以参加京东所有资源位的活动，部分需要付费购买。
5、自营商品在平台上销售是品牌推广的一个重要渠道。
6、京东自营供应商只需要负责头程运输费用，节省商家仓储和配送费用。
7、京东自营供应商无技术服务年费
京东自营也就是售后和出售，是专门由京东官方负责的，是一个店家直接到买家的形式，比如说商品的服务写的是由京东发货并且还提供售后服务的话就是属于京东自营，或者是厂商直接送的这类商家也是属于自营。
自营电商(自营式电商)经过一定的发展成功塑造了商城的强有力的品质和售货保障形象，加强了电商对商品来源、商品质量、商品供应及物流配送的管控能力，实现了商品的垂直化供应，使终端消费方获得更加优质的产品和服务。
可以覆盖全品牌、全型号，产品多样化可供消费者选择。缺点也明显：林子大了，难免良莠不齐。物流有的用京东，也有的是自己的，也有外包的。售后有的按照厂家标准，有的按照京东标准，评价褒贬不一。
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